重庆医科大学附属第二医院检验科临床微生物专业组，集医疗、教学、科研为一体，聚焦于临床感染性疾病的实验室诊断。作为检验科重要的亚专业之一，在2014年其质量管理体系与科室一并通过了ISO15189认可。
【医疗】
检验科临床微生物专业组分为渝中院区和江南院区两个场所，均按生物安全二级实验室的标准设计，在试验区内设置标本签收接种区、形态学检查区、细菌鉴定药敏区、真菌鉴定药敏区、血清学检查区、试剂储藏及阳性瓶皿暂存区等。实验室内配备紧急喷淋装置、洗眼器及急救箱等个人生物安全防护设备，充分保障实验室人员安全。
微生物专业组现有职工16人，专业职称包括主任技师1名、副主任技师3名、主管技师10名、检验技师2名，在专业研究领域有3名硕士研究生导师。学历包括博士3名、硕士4名及本科9名。
硬件配置包括基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱仪2台（布鲁克及毅新博创各1台）、全自动血培养仪8台（梅里埃、BD及迈瑞等品牌）、各型培养箱13台、微生物全自动鉴定及药敏分析系统4套（2套梅里埃VITEK2 Compact，2套VITEK2）、真菌药敏分析系统2台、荧光显微镜2台、普通显微镜4台、全自动免疫分析仪2台、全自动化学发光仪1台，生物安全柜7台、超低温冰箱6台等。
专业组技术项目包括：对各类临床标本进行直接涂片镜检，包括痰、咽拭子、分泌物及胸腹水、关节液等多种体液。染色方法包括革兰染色、墨汁染色、抗酸染色、弱抗酸染色、六胺银染色、真菌荧光染色等。对各类临床标本进行培养及分离鉴定致病菌，对常见细菌、少见菌（诺卡菌、放线菌、非结核分枝杆菌）等均有很好的分离鉴定能力。对阳性的血培养及脑脊液培养，均严格执行三级报告模式。对临床分离鉴定的病原菌，采用自动化仪器法结合标准的纸片扩散法进行药敏检测。血清学试验主要涉及与真菌感染相关的检测包括1-3-β-葡聚糖（G试验）、曲霉半乳甘露聚糖（GM试验）、念珠菌IgG、曲霉IgG、烟曲霉IgE、隐球菌荚膜多糖抗原等检测。此外还配合院感科，对全院院感监测相关标本进行培养及鉴定，如空气培养、物表培养、消毒剂及无菌物品监测等，对院内感染暴发流行，配合院感科进行患者标本及环境标本采样与检测，每季度与药学部和院感科合作，发布全院细菌监测数据，每年发布全院病原菌分布及耐药监测手册。
专业技术延伸服务包括积极参与疑难疾病的会诊及讨论，参与感染性疾病的多学科讨论，并深入临床，与医生护士探讨微生物检验样本的正确采集及送检，规范采样过程，宣传微生物的报告单解读，尤其是阳性的药敏报告单的宣传解读。牵头成立了重庆市病原微生物实验诊断专科联盟，并担任理事长单位，联盟包括川渝地区共计68家医疗单位，每年举办学术活动2-3次，助力本地区临床微生物学的发展。
【科研】
承担国家自然科学基金7项，重庆市自然科学基金2项，重庆市卫健委课题1项，发表SCI论文23篇，中文核心期刊论文13篇，参与制定专家共识4篇，参译《临床微生物学手册（第12版）》。
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