重庆医科大学附属第二医院病理科成立于1972年，为国家病理学硕士授予点、国家药物试验基地，已开展临床工作40多年，是医、教、研并重的临床辅助科室，每年诊治病人5万人次。
病理科拥有多台进口显微镜及免疫荧光显微镜，新型通风取材台、全自动真空组织脱水机、德国莱卡石蜡切片机、全自动电脑程控数字包埋机、恒温冰冻切片机、全自动免疫组化染色机、PCR仪等设备，可开展的项目临床外检、冰冻切片、尸体解剖、细胞学检查、普通化学染色与免疫组织化学染色、原位杂交。
科室现有医技人员31人，医生11人，技术员11人，其中高级职称（副高）和主管技师以上人员7人，硕士学位以上人员占50%以上。在全科的共同努力下，科室承担科研任务，主持国家自然科学基金1项，参与20余项，获国家发明专利2项，中国抗癌协会科技奖一等奖1项，中华医学科技奖一等奖1项，发表论文30余篇，参编专著1部。
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